Eine Atombindung bildet sich also, indem sich zwei Orbitale, die mit je einem Elektron besetzt sind, überlappen.
Nun hat man festgestellt, dass Atombindungen bestimmte Richtungen im Raum haben. Nehmen wir zum Beispiel das Wasser: Im Wassermolekül (Formel: H2O) ist ein Sauerstoffatom (6 Außenelektronen, also 2 doppelt und 2 einfach besetzte Orbitale) durch Atombindungen mit 2 Wasserstoffatomen (je ein Außenelektron) verbunden. Wie man zeigen konnte (z. B. durch Röntgenbeugung), sind Wassermoleküle gewinkelt.
Um diese Tatsache zu erklären, nimmt man an, dass die Orbitale ihrerseits in bestimmter Weise räumlich angeordnet sind, nämlich tetraedrisch, wie auf dem oben bereits (und hier nochmals) gezeigten Bild. Die Überlappung erklärt dann die räumliche Struktur des Moleküls: Beim Sauerstoffatom sind 2 Orbitale schon mit je 2 Elektronen besetzt, 2 Orbitale haben je ein Elektron. Diese beiden Orbitale überlappen sich mit den einfach besetzten Orbitalen der beiden Wasserstoffatome, wodurch der Winkel entsteht (Das Orbital für die erste Schale ist Kugelförmig).